Ta modlitwa sugeruje, że katolicy, prawosławni, protestanci etc. już wyznają jedną i tę samą wiarę („wiarę Twojego Kościoła”), i to tylko dlatego, że wszyscy oni „wzywają Twojego [czyli Chrystusowego] Imienia”. Wychodziłoby więc na to, że różnice doktrynalne nie mają kompletnie znaczenia. Ale w takim razie „podziały” wspomniane w tej modlitwie nie są chyba natury doktrynalnej, tylko organizacyjnej. Wydaje się, że celem tej modlitwy nie jest zjednoczenie z Chrystusie, tylko zjednoczenie pod (honorowym) przewodnictwem Papieża, przy zachowaniu odmienności nauczania. Jest to podszyte niewiarą, że Kościół jest z Bożego ustanowienia; Kościół jawi się tutaj jako instytucja czysto ludzka.
Jest to kompletne wykoślawienie modlitwy o pokój: pokój Chrystusowy oznacza bowiem jedność w wierze, a nie jedność wyłącznie organizacyjną, strukturalną.
Modlitwa ta zdaje się nawiązywać do (potępionej przez Św. Oficjum) teorii gałęzi (
branch theory). Paul Evdokimov pisał (w swym
Prawosławiu), że „słynna »teoria gałęzi«, według której każde wyznanie posiada tylko częściową prawdę, przy czym jedynie ich suma stanowi prawdziwy Kościół, usprawiedliwia i sprzyja nieskończonemu rozdrabnianiu »kościołów«, a w końcu stwarza chrześcijaństwo pozbawione Kościoła”.
Jakim pokojem mają być napełniane „Kościoły wschodnie, Kościoły prawosławne […], Kościoły powstałe z Reformacji, wspólnota anglikańska, Kościoły ewangeliczne, wszystkie społeczności chrześcijańskie” (każda z osobna) — Boskim czy może tylko ludzkim? Jeśli będzie to pokój czysto ludzki, stanowić to będzie przecież zachętę, aby każda ze wspólnot pozostała taką, jaka jest; nie łączyła się z inną. (Czyli modlitwa o pokój wewnętrzny dla każdej denominacji chrześcijańskiej sprzyja podziałom, umacnia rozłamy, a nie prowadzi do jedności). Przeciwnie zaś: napełnienie Boskim pokojem winno skłonić te heretyckie albo schizmatyckie wspólnoty do porzucenia błędów i dołączenia do istniejącego już i widzialnego jednego Kościoła.